从宏观上来看，流程运行时钟设置首先要考虑企业的业务特征和外部的环境影响，如服饰企业生产运行表现出的明显的季节特征;快消品企业的淡旺季特征等，这种运行时钟多半以年为周期，是企业战略流程和重大业务运营活动所遵循的运作时钟;如某企业市场策略的制定——执行——绩效评估是围绕着每年三个产品营销售卖季来进行;某企业大型经销商年会时钟的优化，既考虑避免与外部大型事件冲突，并且要考虑考虑市场启动因素，春运因素等。

  从中观上来看，通过时钟优化，从时间的角度来解决跨组织资源难以统筹协调的问题。如我们大家常常发现临时召开一个会议难以召集齐需要参加的人员，或者要处理的问题都是零散的，难以提高效率，针对这样的一种情况，则需要对多个流程的时钟和会议进行整合。如某营销组织通过流程时钟优化，使得总部的品牌和销售职能管理人员在上半月可以跑市场，收集信息和问题，在每月下旬集中在总部讨论问题和改进;同时对于区域自下而上提报的一些产品、价格、促销等需求审批流程，统一时钟，使总部的审批时间统一放在每月下旬，通过这一种改进，推动品牌和销售线上线下的配合，提高了流程的审批效率，同时在总部和区域公司自上而下形成一个稳定的运营节拍。

  从微观上来看，通过逐步将一些运营时钟固化，使例外管理向例行管理转移，使过去随机式管理向计划式管理转移。如某企业高层的重大运营决策会，以前是按需召开，流程的优化时我们提议最好固定在每月的20号左右，从而对未来时间有了明确的预期，方便高层统筹安排时间计划。

  流程“线”的优化，即端到端的流程的优化。所谓端到端，起点从市场需求或者企业的战略计划定制，终点到通过执行评估改进，完整地解决客户的真实需求。在以往的流程的优化工具中，提到过很多如ASME表、ESEIA等流程优化工具，重点是减少流程中的非增值活动和简化流程。然而对于解决多组织协同问题，端到端流程优化的重点：一是设置面向整体流程的绩效目标，使端到端流程线上的每个岗位朝着同一目标努力，从而形成系统合力，如新产品上市流程，需建立以新产品上市成功率为导向的统一流程绩效目标，以避免流程环节中的各个部门同向不同力。二是通过分阶段评审决策点设置，实现管理前置，以减少流程返工造成的浪费;三是加强对流程中的信息交流和协同点的识别，在一个跨区域多组织企业中，流程运行的很多问题是由于信息的不对称或者没有及时沟通造成的，因此明确流程每一个环节的协同点和信息输出点对保障后端流程的顺利进行很重要。